سال انتشار: ۱۳۹۱

محل انتشار: اولین همایش ملی دانشجویی بیوتکنولوژی

تعداد صفحات: ۱

نویسنده(ها):

کیوان آصف پور وکیلیان – دانشجوی کارشناسی ارشد، گروه اگروتکنولوژی، دانشگاه تهران
مجتبی محمودیان – دانشجوی کارشناسی ارشد، گروه تولیدات گیاهی، دانشگاه تهران

چکیده:

تعیین ساختار دوم توالی مولکول‌های RNA در مسائل بیوانفورماتیک، علاوه بر تفسیر عملکرد و واکنش‌پذیری RNA، در تحلیل ساختار سوم مولکول RNA نیز کاربرد دارد. در این مقاله، ساختار دوم توالی RNA به روش کمترین انرژی آزاد با مدل نزدیکترین همسایه (INN) ارائه شد. برای محاسبه پارامترهای ترمودینامیکی این روش، دو برنامه جداگانه با استفاده از نرم‌افزار MATLAB نوشته شد. در یکی از برنامه‌ها از مدل رگرسیون خطی مضاعف و در برنامه دیگر از شبکه عصبی مصنوعی پرسپترون دو لایه برای محاسبه پارامترها استفاده شد. برای آزمایش برنامه‌ها، مقادیر انرژی ۲۰۰ توالی کوتاه نوکلئوتیدی به عنوان نمونه از پایگاه داده بیوانفورماتیک NTDB استخراج شد و برای ورودی برنامه ها مورد استفاده قرار گرفت. پارامترهای ترمودینامیکی به دست آمده از این دو روش به عنوان مقادیر ورودی یک شبکه عصبی پس انتشار (back-propagation) به سیستم معرفی شدند. نتایج تست نشان داد که داده های مدل شبکه پرسپترون نسبت به مدل رگرسیونی به خط با شیب ۱ نزدیکتر بوده و مقدار R2 برای آنها بیشتر از مدل رگرسیونی است. همچنین، به دلیل زیاد بودن تعداد پارامترها و ناکافی بودن تعداد داده‌ها در بعضی از حالات، الگوریتم شبکه پرسپترون، نتایج مطلوب ‌تری را نشان داد.